Patogenia investighează dezvoltarea unei boli și lanțul evenimentelor asociate acesteia, care pas cu pas determină modificările morfo-funcționale ale celulelor și țesuturilor aparținând organelor afectate. Aceste modificări pot fi cauzate de agenți chimici, fizici sau biologici (viruși, bacterii etc.).
Prin urmare, am putea defini patogeneza ca mecanismul prin care un agent etiologic (agent cauzal, de exemplu o bacterie sau o radiație) determină boala. Nu întâmplător termenul de patogeneză derivă din unirea cuvintelor grecești patos, „boală”, e geneză, „creație”.
În timp ce etiologia definește cauzele, patogeneza studiază consecințele.
Prin citirea textelor medicale putem întâlni, prin urmare, termeni precum: patogeneza microbiană, patogeneza inflamatorie, patogeneza virală, patogeneza malignă (tendința unei boli, de obicei tumorale, de a se agrava progresiv până devine potențial letală). Multe boli recunosc diferiți factori cauzali (etiologie multifactorială) și chiar mai numeroși sunt cei caracterizați prin mecanisme evolutive diferite (patogenie multiplă).